А чем тебе не нравятся заглушки? И в чём смысл читать ветку без комментариев пользователя, который эту ветку, собственно, начал? С заглушками удобнее показывать ветку, не нужно в самый низ страницы прокручивать. Ещё можно показывать только отдельные ветки, а не все игнорируемые комментарии. Ещё можно по нику написавшего понять, стоит ли показывать или не стоит (не всегда игнор означает нежелание читать абсолютно все комментарии вне зависимости от контекста).

Ответы на скрытый комментарий могут опционально иметь пометку «Ответ на скрытый комментарий», как сейчас бывают «Ответ на удалённый комментарий», когда комментарий удаляют, не удаляя ветку.

Оно уже так и работает здесь.