Не обязательно совсем закрытый, но закрытый для ботов через robots.txt - да.

Может сделать так: каждый топик автоимпортировать в одно из двух возможных мест - закрытое и открытое.
В закрытое импортировать по умолчанию, а потом особо хорошие темы вручную переносить в открытый раздел, причём его может быть даже разрешить индексировать поисковикам.

Хотя есть одна проблема: как автоимпортер будет отрабатывать вынесенные в отдельные темы треды?

Лично я вижу решение в том что надо развивать функционал автовыноса, а именно запретить писать ответы в импортированные треды, но разрешить отвечать на пост в другой теме, специально созданной для этого или уже существующей.