По дефолту если над неактивным окном крутить колесо мыши, фокус переходит на него. Как сделать, чтобы оно прокручивалось, а фокус оставался на том окне, где был? Сам спросил сам отвечу. В настройках Диспетчер окон (дополнительно) -> Доступность -> отжать галку Поднимать окна при нажатии любой кнопки мыши Я фигею, как это можно было так запрятать? Просто ужасный интерфейс. Я видел эту настройку, но не догадался, что она делает именно это.

Как я понял, тебе нужно для каждой настройки создать скрипт на рабочем столе, чтобы всего лишь парой кликов мышью ты мог изменить каждый параметр Xfce.
Тут речь не о том, что нужно три клика, а о том, что надписи в UI интуитивно непонятные. Какого фига оно в доступности? Это же для обхода различных проблем со здоровьем. И какого фига прокрутка называется “кнопкой мыши”?
Always has been.