Я думаю есть простое решение, надо поменять алгоритм поиска по переменной PATH: пусть в каталоге на который указывает эта переменная бинарники и библиотеки лежат не напрямую, а в директориях progname. Может в директориях вида /usr/progs/packet_prog_name/bin и /usr/progs/packer_prog_name/lib То есть принципиально ничего не меняется, но связанные файлы лежат ближе друг к другу. Но перелопачивать под это дистры и исходники будет та ещё возня.