Я понимаю так, @cvs-255 хочет чтобы в системе штатным образом стояли программы скомпилированные в разное время у которых одна и таже библиотека с одним и тем же названием бы имела совершенно разные свойства.

NixOS. Всё.

И без переработки ядра. Зачем велосипед изобретаете?