Я cp руками уж лет 20 не дёргал, поэтому все “нюансы” из головы давно вылетели, но тут пришлось и я с удивлением обнаружил, что это чудо не копирует директории, пока его специально не попросить об этом.
Интересно, какая была для этого причина? Почему для копирования директорий я должен использовать дополнительные параметры?

Внезапно линукс пилится тем же самым кровавым энтерпрайзом (в основном).
А вообще, есть куча альтернатив coreutils, в некоторых из них наверняка есть утилита, которая имеет такое поведение как ты хочешь.
Ну и что?
Ну и что?!
Сходи Тазхейту пожалуйся.
Хуй через плечо.