Чот отдельным минимальным примером не воспроизводится… Ну что ж, будем дебажить дальше. Память то может портить кто-то другой. А валгринд лишь указывает на то, что увидел.

Ну, раз уж вынес в минимал:

#include <stdlib.h>
#include <string.h>
#include <stdio.h>


////////////////////////////////////////////////////////
////////////////////////////////////////////////////////


struct entry_s {

    int id;

    void (*handler) (struct entry_s *entry);

    struct entry_s *prev;
    struct entry_s *next;

};


typedef struct entry_s entry_t;


void
entry_handler(entry_t *entry)
{
    char *ptr;


    printf("handle entry: %p -> %d\n", entry, entry->id);


    ptr = malloc(1000);

    if (NULL == ptr) {

        printf("failed to allocate entry handler tmp data\n");

        return;
    }


    memset(ptr, 0, 1000);


    free(ptr);
}


entry_t *
entry_create(int id)
{
    entry_t *entry;


    entry = malloc(sizeof(entry_t));

    if (NULL == entry) {

        return NULL;
    }


    entry->id = id;

    entry->handler = entry_handler;

    entry->prev = NULL;
    entry->next = NULL;


    return entry;
}


////////////////////////////////////////////////////////
////////////////////////////////////////////////////////


typedef struct {

    entry_t *first;
    entry_t *last;

} entries_t;


void
entries_add_entry(entries_t *entries, entry_t *entry)
{
    entry_t *last;


    last = entries->last;

    if (last) {

        last->next  = entry;
        entry->prev = last;

    } else {
        entries->first = entry;
    }


    entries->last = entry;
}


void
entries_remove_entry(entries_t *entries, entry_t  *entry)
{
    entry_t *prev;
    entry_t *next;


    prev = entry->prev;
    next = entry->next;


    if (prev && next) {

        prev->next = next;
        next->prev = prev;

    } else if (prev) {

        prev->next    = NULL;
        entries->last = prev;

    } else if (next) {

        next->prev     = NULL;
        entries->first = next;

    } else {

        entries->first = NULL;
        entries->last  = NULL;
    }


    entry->prev = NULL;
    entry->next = NULL;
}


void
entries_clear(entries_t *entries)
{
    entry_t *curr;
    entry_t *next;


    curr = entries->first;

    while (curr) {

        next = curr->next;

        free(curr);

        curr = next;
    }


    entries->first = NULL;
    entries->last  = NULL;
}


////////////////////////////////////////////////////////
////////////////////////////////////////////////////////


static entries_t my_entries = { NULL, NULL };


////////////////////////////////////////////////////////
////////////////////////////////////////////////////////


#define ENTRIES_NUM  8


int
main(void)
{
    entry_t *entry;

    int i;


    // create and add
    for (i = 0; i < ENTRIES_NUM; i++) {


        entry = entry_create(i);

        if (NULL == entry) {

            printf("failed to create entry: %d\n", i);

            return 1;
        }


        entries_add_entry(&my_entries, entry);
    }


    // remove third
    entry = my_entries.first->next->next;

    entries_remove_entry(&my_entries, entry);

    free(entry);


    // each
    entry = my_entries.first;

    while (entry) {

        entry->handler(entry);

        entry = entry->next;
    }


    // clear
    entries_clear(&my_entries);


    return 0;
}

мне всё равно не нравится

Ты бы мысль то развернул. Вдруг дельные аргументы какие есть.